Jedoch drückte der Sturm das Wasser mit Macht die Elbmündung hoch, und um kurz nach ein Uhr gaben die ersten Deiche dem Wasserdruck nach. In kurzer Zeit brachen die Deiche im Stadtgebiet an über 50 Stellen.
Das Wasser ergoss sich in mehrere Stadteile. Eine Schrebergartensiedlung, in der vor allem im 2. Weltkrieg ausgebombte Hamburger Bürger wohnten, stand sofort meterhoch unter Wasser.

Die Menschen mussten sich - wo sie konnten - auf die Hausdächer und Bäume retten und es blieb ihnen nichts übrig als auf Hilfe zu warten. Währenddessen schliefen die Einwohner der nicht betroffenen Stadtteile ruhig weiter.

Erst um 6.40 wurde Helmut Schmidt, der spätere Bundeskanzler und damalige Innensenator von Hamburg, alarmiert. Dann aber entfaltete er eine beispielgebende Aktivität. Er dirigierte vor Ort die Rettungskräfte von Polizei und Feuerwehr, und er setzte mit Nachdruck durch, dass die Bundeswehr Wassereinsatzkräfte und die NATO 90 Hubschrauber schickte.

Ein Sechstel des Stadtgebiets stand zeitweise unter Wasser. 315 Menschen kamen ums Leben sowie 25.000 Tiere - Haustiere, Hühner, Stallvieh. 20.000 Menschen verloren ihr Zuhause. Seither wurden die Hochwasserschutzvorrichtungen mehrfach ausgebaut, sodass die Sturmflut von 1976, bei der das Wasser noch höher stieg, ohne Schäden überstanden werden konnte.